Begonnen hat die Geschichte des Museums aber bereits im Jahr 1913, als die Stadt dem Flensburger Volksschullehrer und Heimatforscher Hans Philippsen seine Sammlung von Gesteinen, Mineralien und Versteinerungen für 2080 Goldmark abkauft.
Hans Philippsen selbst erhält den Auftrag, die wertvollen Objekte im Zeichensaal der Waldschule für Lehrkräfte und Schüler aufzubauen und zu betreuen. Doch auch das Interesse der Allgemeinheit ist groß, und so wird die Sammlung sonntagmittags und an einem Nachmittag in der Woche für die Bürgerinnen und Bürger geöffnet. Und sie wächst, denn Hans Philippsen begleitet die Großbaustellen seiner Zeit wie die Ausbaggerung des Flensburger Hafengebietes und den Dammbau bei Holnis. Dort sichert er den kommenden Generationen bedeutsame archäologische und paläontologische Funde.

Einige Flensburger Bürger bieten der Stadt nun auch ihre biologischen Sammlungen zum Kauf oder als Schenkung an. So gelangen sehr wertvolle regionale Käfer-, Schmetterlings- und Eiersammlungen sowie herausragende Herbarien in das seit 1924 „Geologisches Heimatmuseum“ genannte Obergeschoss der Waldschule, können aus Platzgründen aber nicht ausgestellt werden. Erst nach einer Umgestaltung der Räume eröffnet dort am 13.10.1925 das „Naturwissenschaftliche Heimatmuseum der Stadt Flensburg“ mit Hans Philippsen als ehrenamtlichem Leiter.
Wegen steigender Schülerzahlen werden die Klassenräume ab 1929 wieder für schulische Zwecke benötigt. Mittlerweile leitet Prof. Dr. Walther Emeis, Gymnasial- und Hochschullehrer sowie engagierter Naturschützer, ehrenamtlich das Museum. Er muss den Großteil der Sammlungen in Kartons verpackt auf verschiedenen Schuldachböden zwischenlagern – und sucht händeringend nach einem neuen Gebäude. Nachdem andere Möglichkeiten verworfen wurden, quartiert die Stadt das Museum 1937 im Gebäude der Flensburger Freimaurerloge am Nordergraben ein. Nazi-Gesetze anwendend, hatte die Stadt es der Loge zuvor entzogen. Nach dem Krieg erfolgt 1946 die Rückgabe des Gebäudes. Ein kleiner Teil der naturwissenschaftlichen Sammlung darf dort weiter für die Öffentlichkeit aufgestellt bleiben, der Rest wird in verschiedenen Gebäuden verschlossen gelagert. Eine Pflege der Sammlung ist dadurch zum zweiten Mal unmöglich, es kommt zu unwiederbringlichen Verlusten.
Erst 1962 wird das Naturwissenschaftliche Heimatmuseum im Erdgeschoss des Neubaus der Stadtbibliothek an den Süderhofenden wieder eröffnet. Die neue Dauerausstellung hat einen deutlichen biologisch-ökologischen Schwerpunkt und baut auch die biologische Sammlung aus. „Libellen, Akrobaten auf gläsernen Schwingen“ heißt die erste Sonderausstellung, die 1973 im Naturwissenschaftlichen Heimatmuseum gezeigt wird. Das Konzept von wechselnden Sonderausstellungen, in denen einzelne Themen, Naturphänomene oder Lebensräume vertieft dargestellt werden, hat sich bis heute bewährt.

Prof. Dr. Willfried Janßen, ebenfalls Hochschullehrer und engagierter Naturschützer sowie ehrenamtlicher Museumsleiter von 1981-1993, bringt ein von ihm entwickeltes Konzept ins Museum ein. Um den Museumsbesuch zu einem „begreifbaren“ Erlebnis zu machen, gehören nun auch u. a. Rätselkommoden für Kinder und Tierpräparate zum Anfassen zur Ausstellung.
Doch bald wird ein neuer Umzug nötig. Im November 2001 erfolgt die Wiedereröffnung, nun unter dem Namen „Naturwissenschaftliches Museum Flensburg“ am heutigen Standort im Erdgeschoss des Heinrich-Sauermann-Hauses auf dem Museumsberg. Da die Grundfläche von 510 m2 bereits für die biologischen Themen zu knapp bemessen ist, richtet die Stadt ein ungenutztes Wirtschaftsgebäude im nahegelegenen Christiansenpark als geologisch-paläontologisches Schaumagazin her. So öffnet das Eiszeit-Haus 2002 im größtenteils nichtöffentlichen Betrieb. Seit 2006 ist es nur dank der Unterstützung Ehrenamtlicher mittwochs und sonntags geöffnet.
Dr. Werner Barkemeyer, erster hauptamtlicher Leiter des Museums, bringt das Museum nach draußen. Seit der Gründung des Umweltbildungszentrums 2014 bietet das Naturwissenschaftliche Museum immer mehr Exkursionen in die Lebensräume in und um Flensburg an, ein Angebot, dass besonders gern von Schulklassen zur Erforschung von Wald, Wiese und Förde genutzt wird. Auch Seniorenheime nehmen die „Museum-on-tour“-Angebote gern wahr.

2017 und 2022 bestätigt die Auszeichnung „Zertifiziertes Museum Schleswig-Holstein“ die Qualität des Naturwissenschaftlichen Museums als Bildungseinrichtung und seine hohen Standards als Museum. 2019 und 2024 erfolgt zusätzlich die Zertifizierung als „Einrichtung für Bildung für nachhaltige Entwicklung (BNE)“ mit besonderer Hervorhebung des Umweltbildungszentrums (nun-Zertifikat).
Ehrenamtliches Engagement ist nach wie vor ein sehr wichtiges Standbein für das Naturwissenschaftliche Museum, sei es als Mitglied im Förderverein, als Aufsicht im Eiszeit-Haus oder als wertvolle Unterstützung bei der Sammlungsarbeit. Wer Interesse hat, braucht kein großes Vorwissen mitzubringen und kann sich einfach mit dem Museumsteam in Verbindung setzen.
Die geologische Sammlung besteht mittlerweile aus ca. 100.000 Objekten, die biologische aus ca. 50.000 Objekten. Ein Großteil davon befindet sich nicht in der Ausstellung, sondern in der wissenschaftlichen Sammlung. Anlässlich des 100. Geburtstags wird aber an jedem 2. Mittwoch im Monat ein besonderes Objekt aus der Sammlung geholt und im Rahmen einer öffentlichen Führung präsentiert.
Veranstaltungen im Überblick:
Jeden zweiten Mittwoch im Monat, 16.00 Uhr
100 Jahre Naturwissenschaftliches Museum
Führung mit Präsentation eines besonderen Objekts
Jeden ersten Sonntag im Monat, 11.00 – 17.00 Uhr
Fossiliensprechstunde im Eiszeit-Haus
Jeden Mittwoch, 15.00 – 16.00 Uhr
Kinder-Mittwoch im Eiszeit-Haus
Jeden zweiten Mittwoch im Monat, 17.30 – 19.00 Uhr
De Steensöker
Offenes Treffen für Gesteins- und Fossilieninteressierte im Eiszeit-Haus
30.03.2025
Krokusfest am Eiszeit-Haus
06.04.2025, 11.30 Uhr
Federn – Ein poetisches Meisterstück der Evolution
Ausstellungseröffnung
08.04.2025, 19.30 Uhr
NATURverbunden
Vortrag zur Ausstellung mit Eva Ritter
12.04.2025, 10.00 Uhr
Waldspaziergang zu Frühlingsblühern in der Marienhölzung,
Parkplatz Am Magdalenenhof,
mit Hildburg Schleppegrell und Jörn Hinze
15.04.2025, 19.30 Uhr
Dienstags-Vortrag: Vögel über Flensburg
mit Hans-Peter Fokuhl (NABU Flensburg)
im Eiszeit-Haus, kostenlos
16.04.2025, 10.00 – 12.00 Uhr
NATURverbunden – Gesprächscafé mit Eva Ritter
Ferienprogramm für Kinder:
11., 15. und 24.04. von 11.00 – 12.30 Uhr
Workshops und Führungen zur Ausstellung
Federn – Ein poetisches Meisterstück der Evolution
20.05.2025, 19.30 Uhr
Dienstags-Vortrag: Steine statt Sterne – Stromatolithen
mit Werner Penke vom Planetarium Glücksburg im Eiszeit-Haus,
kostenlos
21.05.2025, 10.00 – 12.00 und 14.00 – 16.00 Uhr
NATURverbunden – Workshop mit Eva Ritter
23.05.2025, 10.00 – 12.00 und 15.00 – 17.30 Uhr
NATURverbunden – Workshop mit Eva Ritter
28.05.2025, 16.00 Uhr
Führung durch die Ausstellung Federn – Ein poetisches Meisterstück der Evolution
17.06.2025, 19.30 Uhr
Dienstags-Vortrag: Zwischen Spülsaum und blühenden Wiesen
mit Studierenden der EUFim Eiszeit-Haus, kostenlos
02.07.2025, 16.00 Uhr
Führung durch die Ausstellung Federn – Ein poetisches Meisterstück der Evolution
06.07.2025
Parkfest am Eiszeit-Haus
Exkursionen:
Mit Kirsten Giese (NABU)
Anmeldung bei kirsten.giese@posteo.de
05.04.2025, 08.00 – 9.30 Uhr
Vogelstimmenführung auf dem Mühlenfriedhof
10.04.2025, 16.30 – 18.00 Uhr
Botanische Wanderung durch die Marienhölzung
01.05.2025
Abenteuer Fördestrand für Familien in Solitüde
05.06.2025, 16.30 Uhr
Die Botanik auf dem Campusgelände